小时起飞的一架侦察机发来的电报，距中途岛约240海里的海面发现10艘丑国军舰。

南云命该侦察机继续查明敌人舰队是否拥有航空母舰，同时命令暂停对鱼雷机的换弹。

就在南云等待侦察机的侦察结果时，空中再次响起了警报。

40余架从中途岛起飞的美军B-17轰炸机和俯冲轰炸机扑向南云的舰队。由于美军的轰炸机没有战斗机护航，结果很快的就被南云派出的零式战斗机击退。

8时15分，南云终于接到了侦察机传来的报告：美军舰队里确实有航母的存在。南云下令各舰停止装炸弹，飞机再次送回机库重新改装鱼雷，日本航空母舰的甲板上一片混乱，为了争取时间，卸下的炸弹，都堆放在甲板上。

8时30分，空袭中途岛的第一攻击波机群返航飞抵霓虹舰队的上空。

还有那些保护航空母舰的战斗机也需要降落加油。

南云处于进退维谷的境地。第二航空母舰战队司令山口海军少将向南云建议“立即命令攻击部队起飞”。

第二批突击飞机换装鱼雷还没有完成，如果马上发动进攻，也没有战斗机护航。

而且舰上的跑道被起飞的飞机占用，那么油箱空空的第一攻击波机群会掉进海里。

南云决定把攻击时间推迟，首先收回空袭中途岛和拦截美军轰炸机的飞机，然后重新组织部队以进攻美军特混舰队。

8时37分，返航的飞机开始相继开始降落在四艘航空母舰飞行甲板上。

8时40分，15海里以外的弗莱彻少将率领的第17特混编队的约克城号航空母舰上起飞了35架战机。

9时18分，全部飞机的作业完毕。南云命令舰队以30节的航速向东北航行，向美军特混舰队靠近，以避开再来攻击的中途岛方面美机，准备全力进攻美军特混舰队。