第一百八十三章 老裘,你的病有救啦!(5.4K)
方法是根据已详细调查区域的物种数量,外推至全球的总物种数。 然而,这些方法有许多假设与限制,使得推算的总物种数差异甚大。 最低的推算数值是三百万,最高的甚至达到了一个亿。 目前接受度比较高的一个数字,是由夏威夷大学马诺阿分校camilo mora教授提出来的: 870万,不包括病毒。 他是应用生物分类阶层——也就是生物课本里学过的界门纲目科属种的数量趋势,推估出出来的这个数字(org/content/113/21/5970) 例如某动物门=10纲=100目=1000科=10000属=100000种,同时不同类群的分类阶层数量有相似的趋势,且高阶分类相对于种较稳定。 因此经过一系列的模拟,最终可推估得到较可信的总物种数。 camilo mora教授的这篇论文是目前全球被引用次数最多的统计文稿之一,也算是个比较权威的推论了。 870万对比200万。 因此在青苔之中发现某种甚至多种微生物的存在,徐云真的一点儿都不惊讶。 随后他沉思片刻,对裘生道: “老裘,先做16s相似度检测吧。” 裘生点点头,飞快的带上套...手套,说道: “行,我立马就做。” 一般来说。 如果是培养皿培育出的菌株,检测或者对比的难度往往都不高。 但对象若是自然界富集的样本,操作起来就比较麻烦了。 徐云所说的16s相似度检测,指的是核糖体小亚基的rna组分检测。 也就是16srrna。 这部分长度大约1500nt,不同物种略有差异,算是目前主流的九大新物检测步骤之一。 五分钟后。 裘生抬起头,对徐云道: “老徐,准备好了,引物你觉得用啥?” 徐云想了想,很快道: “1492r吧。” “好嘞!” 半个小时后。 裘生抬起头,打了个响指: “搞定,扩出来了,blast的密匙你有吧?” 徐云朝他竖起一根大拇指示意干得漂亮,随后走到操作台边,噼里啪啦的输了一大串密匙。 做过新种检测的同学应该都知道。 16s相似度检测的界限其实有些模糊,因为不同分类群的检测相似度阈值是不一样的。 比如有的是97%,有的是99%。 只是在通常情况下。 相似度超过97%的,就可以认为是一个物种。 相似度低于97%的,就可以认为是不同物种,进行下一阶段检测。 不过就是这样一种不太精细的检测手段,却依旧是很多新物检测迈不过去的一道坎: 大部分样本在经过检测之后,都会发现相似度在99.99%以上,与其他某某微生物是同一物种。 总而言之。 这项技术在定属方面还是靠谱的。 又过了一会儿。 裘生一脸惊喜的抬起头,声音骤然拔高了几分: “老徐,相似度46.9%,46.9%!!” “毫无疑问,这是一类新物!” 徐云认真的看了他一眼,确认道: “只有一种新物吗?” “没错,只有一种!” 徐云若有所思的点点头,又道: “那就继续上磷脂脂肪酸和呼吸醌鉴定吧。” 众所周知。 新物鉴定一般都有九个流程: 1、16s相似度。 2、形态学观察。 比如这个菌的形状、大小、鞭毛情况等等,还包括最适生长条件的确定。 3、磷脂脂肪酸鉴定,这个具有属特异性。 4、呼吸醌,也就是看一下占优势的呼吸醌是哪种,这个有种特异性。 5、分子杂交,也就是测定基因组序列,草图就行,然后跟近源物种去比较。 相似度超过70%是一个种,低于70%是不同物种。 6、碳源利用情况,看一下能利用哪些碳源,一共有95种碳源的测试。 7、api试剂盒鉴定,生理生化鉴定的一方面。 8、gc含量。 9、革兰氏染色。 大概经过这些方面的检查,就可以确定是不是新种了。(注:不知道这样写的比较详细大家愿不愿意看?这种详细流程应该没有其他书写过,找人问其实很麻烦的,要是还被嫌水下次我就不写了) 其中第五个流程,也就是分子杂交这次可以直接忽略——毕竟第一部测出来的46.9%实在是差距太明显了。 考虑到时间问题,徐云将几个步骤逐一分工,由几位工具人...咳咳,课题组成员同步进行。 五个小时后。 一道最终报告出炉了。 “节丛孢属的一类全新微生物,1000倍油镜下可观察到形态,体外具备大量假丝。” “这种假