大的世界也随着他的故事，在天网的眼前展开。

过着富足且有挑战的工作与生活的一名年轻的网络黑客尼奥发现，看似正常的现实世界实际上似乎被某种力量控制着，尼奥便在网络上调查此事，只不过让他没有想到的是，伴随着一个叫墨菲斯的家伙带来了一红一蓝两个胶囊，并承诺在他做出选择之后告诉他什么是真实之后，尼奥的生活也随之出现了翻天覆地的变化。